
內垵南漁港屬第三類漁港,位於西嶼鄉南端,面朝西南,東北季風影響較小,但因四周無地形屏障,無法阻擋颱風波浪,於民國58 年,由澎湖縣政府籌措經費,並由漁業局補助, 修建防波堤兼碼頭 150 公尺,又於 66 年申請離島計畫經費,延長突堤碼頭 60公尺。本港海岸為砂灘地形,受漂砂影響,又因宥於天然地形,只考慮以延長突堤之方式興建,以解決當地漁船靠岸需要。在第一期漁港建設方案中, 於 74 及 76 年度共編列預算約 3,000 萬元,延長防波堤兼碼頭 37 公尺,並向西興建防波堤兼碼頭 75 公尺。
本港於「第二期台灣地區漁港建設方案」中,為增加碼頭長度供漁船停靠及增進內側碼頭泊地穩靜,撥款 5,000 萬元,於 79 ~ 85年度共實施五期工程,延建外側防波堤兼碼頭及修建內側突堤碼頭、北護岸碼頭並浚挖泊地,除增進內側泊地之穩靜度,並增加漁船停泊碼頭。
本港由於漁船使用頻繁,間或有台南籍漁船靠泊,應續興建內側碼頭及疏浚泊地水深,便利漁船停泊,並已列入「第三期台灣地區漁港建設方案」中實施。三期方案中亦同時計畫增建漁具倉庫、加油設備等陸上漁業設施,以增進本港功能。
本港因缺乏陸上漁業設施,漁船補給需經馬公港為之。主要漁撈方式有焚寄網、流刺網、定置網等;漁產除本地消費外,多經馬公運銷。附近有東台古堡等古蹟景觀,惟目前尚未開放。