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綠島漁港位於台東縣綠島鄉南寮村,即綠島之西端,東經 121°28′,北緯22°30′,與台東市隔海相對。由於位處南寮村故亦稱南寮漁港,本港屬珊瑚礁地質,地勢優良為該地區海上作業漁船避風據點。
本港自民國39年開始興建,嗣後逐年增建加強,61年起為因應軍事需要,曾奉最高當局指示擴建外港,延建及加強南北防波堤以及新建登陸艇碼頭等。後為加強離島航運,遂於港口附近98公尺碼頭作為交通船隻使用,民國79年政府為改善本港航道及泊地之穩靜情形,乃投資興建延長外防波堤55公尺,并挖除航道礁石以改善港口。